Primero verificar la versión actual:

root@wn1:~# host -t txt -c chaos VERSION.BIND 127.0.0.1
Using domain server:
Name: 127.0.0.1
Address: 127.0.0.1#53
Aliases:
VERSION.BIND descriptive text "9.5.1-P1"

Editar la configuración del BIND
En Debian la configuración está en:

vi /etc/bind/named.conf.options

En RedHat la configuración está en:

vi /etc/named.conf

Agregar dentro de la sección “options ” lo siguiente:

version “”;

Reiniciar el servicio y volver a comprobar

root@wn1:~# host -t txt -c chaos VERSION.BIND 127.0.0.1
Using domain server:
Name: 127.0.0.1
Address: 127.0.0.1#53
Aliases:
VERSION.BIND descriptive text ""

Con esto quedará oculta la versión.